Khi mãn kinh xuất hiện là mức estrogen giảm xuống. Phát sinh do hai loại hóc môn ở phụ nữ, hóc môn kích thích nang (FSH) và hóc môn luteinizing (LH). Hai loại này có vai trò quan trọng cho sự phát triển bình thường sinh sản và kết hợp tạo điều kiện sản xuất estrogen trong cơ thể phụ nữ. LH kích thích sản xuất androgen (một chất dẫn đầu trong các estrogen) trong khi đó FSH kích thích sự phát triển nang và hoạt động Aromatase- Aromatase là một enzym chuyển đổi được androgen thành estrogen. Trong thời kỳ mãn kinh, nang xẹp gây cho sự kém tập trung LH và FSH tăng lên, làm giảm thấp mức estrogen, do đó chặn đứng chu kỳ kinh nguyệt bình thường.
Chất isoflavones tìm thấy ở đậu nành có tác động gần giống estrogenes, hóc môn tự nhiên của nữ giới, nên giúp giảm các triệu chứng khó chịu của thời kỳ mãn kinh. Estrogen chặn các receptor giống như một phần hoạt động của hóc môn, gây ra chuỗi các phản ứng có lợi. Khi mức hóc môn giảm xuống sẽ có dư các estrogen receptor không bị ràng buộc. Mặc dù, ái lực ngăn chặn là không lớn như phytoestrogen, isoflavones cũng có thể ngăn chặn đối với các receptor. Khi cơ thể được bổ sung isoflavones từ sử dụng đậu nành và các sản phẩm từ đậu nành, hiệu quả ngăn chặn estrogen receptor của nó tăng lên, thay thế cho lượng estrogen bị giảm xuống. Cơ thể lúc này tuy bị thiếu estrogen, nhưng các chức năng estrogen gần như được đáp ứng, hạn chế các triệu chứng mãn kinh.
Hơn nữa Isoflavones đậu nành có khả năng ngăn chặn các hậu quả tai hại tiềm ẩn do dư quá mức estrogen sản ra từ cơ thể. Isoflavones có thể thực hiện chức năng như một estrogen được tuyển lựa kết hợp với các biện pháp thay thế hóc môn truyền thống, để điều trị tạo ra các lợi ích chống ung thư, ngăn chặn tắc nghẽn động mạch nhưng lại không có các rủi ro ung thư vú và ung thư tử cung.
Hai chất hoá thảo trong isoflavones đậu nành là genistein và daidzein vận hành giống như double agents: khi lượng estrogen trong người phụ nữ lên cao, chúng vận hành như là kẻ chống đỡ, ngăn chận một vài tác dụng của estrogen. Khi lượng estrogen xuống thấp, chúng thay thế và vận hành như estrogen. Vì thế, trong tiền mãn kinh (premenopausal), người phụ nữ có lượng cao hormone, phytoestrogen hành xử chống lại những mấm mồng ung thư vú. Vào sau thời kỳ mãn kinh, phytoestrogens hành xử như là estrogens, làm giảm thiểu những triệu chứng bốc hoả và những triệu chứng rối loạn khác, cùng là giảm tiến trình mất xương.
